تولى منظمة نبتة الخيرية للتنمية قضايا الهجرة والمهاجرين بولاية نهر النيل اهتماما كاملا وذلك من خلال تقديم خدمات الدعم النفسى والعون القانونى وبناء القدرات كما تساهم المنظمة فى صناعة السياسات الخاصة بالهجرة من خلال عضويتها فى مجلس الهجرة بالولاية حيث تعتبر المنظمة الوطنية الوحيدة العضو فى المجلس